Le Conseil central des juifs d’Allemagne a vivement réagi à la décision judiciaire, estimant qu’il s’agissait « d’une intervention gravissime et sans précédent dans les prérogatives des communautés religieuses ». Il a exigé que les députés légifèrent sur la question pour éviter des atteintes à la liberté religieuse. Parallèlement, une importante association allemande de musulmans a, elle aussi, vivement critiqué la décision du tribunal de Cologne. « Le jugement est une grave atteinte à la liberté religieuse », a réagi le Conseil de coordination des musulmans en Allemagne. « Le jugement ne prend pas du tout en considération la pratique religieuse menée depuis des millénaires au niveau mondial concernant la circoncision des jeunes musulmans et juifs », a déploré son porte-parole, Ali Kizilkaya. L’organisation musulmane estime que l’Allemagne « criminalise » des coutumes islamiques et juives millénaires.